O ano 2000 representou um marco na história do futebol brasileiro. Hora dos cartolas, dirigentes e TV levarem em conta o apelo dos torcedores e buscar credibilidade. A primeira tentativa foi feita ainda em 2001, com a criação do calendário quadrienal - em 2002, os estaduais deram lugar a torneios regionais, mantendo a disputa do Brasileiro no segundo semestre. Mudanças também no panorama futebolístico: a final de 2001, entre Atlético Paranaense e São Caetano, demonstrou uma nova realidade no futebol, garantindo o sucesso de times bem gerenciados.

Mas a experiência do Rio-São Paulo, da Sul-Minas, além das copas Norte, Nordeste e Centro-Oeste não durou um ano: já em 2003, os estaduais voltaram à ativa, mas desfigurados, por conta do tempo: as disputas regionais ficaram restritas aos meses de janeiro e março. Atendendo ao apelo da maioria, a competição mais importante do país adotaria o sistema de pontos corridos.

Nem por isso o "tapetão" sumiu da disputa: além dos pontos obtidos em campo, muitas equipes foram favorecidas e prejudicadas por decisões do STJD. A Ponte Preta foi a primeira a ter seus pontos "transferidos" para Juventude e Internacional. Outro grande prejudicado foi o Paysandu, que perdeu oito pontos e escapou do rebaixamento na última rodada. Com isso, três pontos foram atribuídos à Ponte Preta, três ao São Caetano, dois ao Corinthians e dois ao Fluminense.

2001
Depois da bagunçada Copa João Havelange, o Campeonato Brasileiro voltou ao comando da CBF. Graças a malfadada competição, clubes que estariam na segunda divisão - Fluminense, Bahia e Juventude, por exemplo, voltaram à elite pela porta da frente.

Ficou decidido que 26 clubes entrariam na competição - os 25 do Módulo Azul da Copa João Havelange, além do Botafogo/SP, rebaixado em 99. Outros clubes também entraram com seus recursos para entrar na festa. São Caetano, Paraná e Remo, além do Malutrom, equipes que disputaram o mata-mata da competição, além do Náutico, campeão pernambucano. Houve até liminar na Justiça comum, e quase o torneio é "melado" de novo.

No final, a pequena "oficialização da virada de mesa", como muitos definiram o Brasileirão 2001, acabou reunindo 28 equipes - incluidos apenas São Caetano e Paraná, finalistas do Módulo Amarelo da JH. Na primeira fase todos jogaram entre si, em turno único. Os oito primeiros colocados se classificaram para as quartas-de-final e os quatro últimos - América/MG, Botafogo/SP, Sport e Santa Cruz - foram rebaixados para a Série B.

Nas quartas-de-final, os times jogaram no sistema de mata-mata, em jogo único. As equipes de melhor campanha na primeira fase jogaram em casa e com a vantagem do empate na prorrogação. Os vencedores avançam às semifinais, disputadas da mesma forma. Com apenas um jogo para cada lado, os times de melhor campanha fizeram bonito e seguraram suas vantagens até a final. São Caetano e Atlético/PR fizeram uma inesperada decisão de campeonato em dois jogos.

2002
Com duas equipes a menos que 2001, o Brasileirão de 2002 começou com a indefinição entre Figueirense e Caxias. As equipes, que disputaram uma das vagas para a elite, brigaram até o último recurso. A equipe catarinense vencia o jogo decisivo quando a torcida invadiu o gramado, impedindo o fim da partida. A decisão final acabou favorecendo o Figueirense.

Fora isso, o regulamento foi o mesmo do ano passado: todos contra todos em turno único, com os oito melhores disputando o mata-mata e os quatro piores - Palmeiras, Botafogo, Portuguesa e Gama - rebaixados. Com a diferença que, desta vez, a fase final foi disputada em dois jogos decisivos. Melhor para o Santos de Diego e Robinho, que terminaram a fase classificatória em oitavo lugar e arrancaram rumo ao título nacional derrubando o poderoso São Paulo, Grêmio e finalmente o Corinthians.

Em 2002, uma novidade entrou em campo: o calendário quadrienal, assinado por Pelé, Ricardo Teixeira e o então Ministro dos Esportes do governo FHC, Carlos Melles. No primeiro semestre, atrativas copas regionais (Rio-São Paulo, Sul-Minas, Nordestão) daria lugar aos estaduais. No semestre seguinte, o tradicional Campeonato Brasileiro. Como vimos, o calendário durou apenas um ano.

2003
Pela primeira vez em toda a sua história, o Campeonato Brasileiro foi disputado em pontos corridos. A forma de disputa mais simples em toda sua história: todos jogam contra todos, e quem marca mais pontos fatura o título. Sem segredos. Melhor para o Cruzeiro: mais organizado, chegou a incrível marca de 100 pontos e 102 gols marcados - com direito a um massacre na última rodada, mandando o Bahia para a Série B com uma goleada de 7 a 0 na Fonte Nova. Foram nove meses de disputa, sendo este o mais longo Brasileirão até então.

A primeira experiência mostrou algumas falhas. Enquanto o Brasileirão andava a todo vapor, a virada da temporada européia tirou craques do país, desestruturando boa parte das equipes. Além disso, uma longa disputa por apenas quatro vagas na Libertadores, além da queda de apenas dois clubes, tornaram o Brasileirão desinteressante para a maioria dos times. Nem mesmo as vagas na Copa Sul-americana, torneio interclubes do continente para o segundo semestre, se mostrou atrativo.

2004 / 2005
A fórmula dos pontos corridos foi mantida, tornando o regulamento do Brasileirão inalterado em relação ao ano anterior. Ao contrário de 2003, o vencedor do ano seguinte foi conhecido apenas na última rodada: o Atlético/PR, líder durante boa parte do returno, deixou o Santos reagir e conquistar o bicampeonato. Com quatro rebaixados, a outra ponta da tabela também mereceu destaque: dois campeões brasileiros caíram para a Segundona (Guarani e Grêmio).

O mesmo aconteceu em 2005. O torneio, no entanto, ficou marcado por problemas na arbitragem. Em meio ao campeonato, o árbitro paulista Edilson Pereira de Souza admitiu estar envolvido com um site de apostas e as 11 partidas em que atuou foram anuladas. Ao final da competição, Corinthians e Inter disputavam o título na última rodada e os paulistas se sagraram campeões. Na rabeira, mais dois campeões nacionais na Série B: Coritiba e Atlético-MG.

2006
Em 2006, o Brasileiro se adaptou totalmente aos "moldes" europeus, contando com apenas 20 participantes na primeira divisão e prevendo quatro rebaixados. A busca por uma das quatro vagas para a Copa Libertadores e para as oito na Copa Sul-americana também garantiu boas emoções ao longo da competição. Uma má característica, contudo, foi mantida: a saída de grandes craques no meio do campeonato. No torneio, quem deu as cartas foi o São Paulo, campeão com três rodadas de antecedência. Dentre os rebaixados, pela primeira vez em dois anos, nenhum time que ostenta o título nacional caiu.

2007
O São Paulo não teve dificuldades e confirmou o seu favoritismo.  Os números não deixam espaço para dúvidas: com quatro rodadas de antecedência, o Tricolor já havia garantido o título, o que já se evidenciava desde a 28ª rodada, quando o time abriu 11 pontos de vantagem sobre o Cruzeiro, segundo colocado. Com a sua 22ª vitória no Campeonato Brasileiro, sobre o América de Natal, o time do Morumbi selou o pentacampeonato nacional.